制药产生的污水因其污染物多属于结构复杂、有毒、有害和生物难以降解的有机物质，对水体造成严重的污染。同时工业污水还呈明显的酸、碱性，部分污水中含有过高的盐分药厂。废水主要包括抗生素生产废水、合成药物生产废水、中成药生产废水以及各类制剂生产过程的洗涤水和冲洗废水四大类。其废水的特点是成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深和含盐量高，特别是生化性很差，且间歇排放，属难处理的工业废水。

制药废水处理时多采用“水解酸化+接触氧化”，在处理水量较小的情况下也可采用高效一体化污水处理设备，根据不同的医药废水水量以及废水中COD含量也可采用“气浮+水解酸化+SBR”“混凝沉淀+接触氧化”“微波-接触氧化”等工艺。